Combining outbreak and genetic data for improved inference of the HIV epidemic


Project leader


Funding source

Swedish Research Council - Vetenskapsrådet (VR)


Project Details

Start date: 01/01/2014
End date: 31/12/2018
Funding: 4660000 SEK


Description

Detta projekt syftar till att öka kunskaperna om hur en smittsam sjukdom sprids i en befolkning genom att t ex besvara följande frågor: finns oupptäckta smittbärare, vilka smittovägar är vanligast och vilka är de största riskgrupperna? Huvudidén med projektet är att kombinera traditionell statistisk analys av smittoutbrott med nya genetisk-statistiska metoder baserade på genetisk information av virusets genetiska variation bland de smittade. Initialt kommer fokus ligga på HIV-epidemin, men i senare delen av projektet kommer även metodiken appliceras på influensa och dengue-feber. Traditionell analys av epidemier har varit att samla in data från befolkningen: vilka har smittats och vilka har befunnits "nära" de smittade utan att smittas? Om t ex vissa hushåll haft många smittade medan andra inte haft några tyder detta indirekt på att smittan lätt sprids inom hushållet om den väl kommit in där. Det senaste årtiondet har förbättrade genetiska metoder ofta använts i stället: genom att studera vilka smittade som har liknande virustyp och vilka grupper som har genetiskt olika virustyper kan man med modeller för hur ett virus evolverar dra slutsatser om troliga smittovägar. Från denna senare analys har smittokluster identifierats, men metoden saknar helt information från dem som undvikit smittan då dessa saknar viruset. Genom att med väl definierade statistiska modeller för smittospridning (i en strukturerad population) OCH virusevolution, i kombination med data av båda sorter (dvs utbrottsdata och genetiska virusdata) kommer innevarande projekt dra nytta av båda dessa metoder för att förbättra och förfina slutsatserna man kan dra om en smittsam sjukdom. För fallet med HIV kan det t ex handla om att lokalisera potentiella ej upptäckta smittbärare, att kvantifiera hur ofta smitta sprids mellan respektive inom olika riskgrupper och därmed även möjliggöra en jämförelse av effekterna på HIV-epidemins fortsatta förlopp som olika potentiella preventiva insatser kan ha för att minska desamma. Projektet kommer ske tvärvetenskapligt med starkt vetenskapligt kunnande från infektionsepidemiologi, beräkningsbiologi och statistik.

Last updated on 2017-22-03 at 07:13