Gene expression and mutation profiling in situ for personalized diagnostics, prognostics and treatment in prostate and breast cancer


Project leader


Funding source

Swedish Research Council - Vetenskapsrådet (VR)


Project Details

Start date: 01/01/2015
End date: 31/12/2018
Funding: 4000000 SEK


Description

Det har visats sig vara mycket värdefullt att karaktärisera cancertumörer genom att mäta deras genaktivitet, så kallad expressionsprofilering. Dessa expressionsprofiler säger något om tumörers egenskaper och kan användas för att förutsäga vilken behandling som kommer vara mest effektiv för en viss tumör (prediktion) och hur aggressiv en den är (prognos). Ganska lite är dock känt om vilka celler i tumören som bidrar till expressionsprofilen. Detta beror på att expressionsprofiler görs på RNA som extraherats från en relativt stor bit av tumören och denna bit innehåller miljontals celler av många olika typer. Beroende på cancerform kommer en majoritet kunna vara cancerceller och i övrigt ingår olika proportioner normal stödvävnad, blodkärl och blodkroppar från immunförsvaret. Inte ens cancerceller kan förväntas vara identiska med samma genaktivitet i alla celler. Snarare kan genaktiviteten förväntas vara olika i centralt placerade celler som är utsatta för syre och näringsbrist jämfört med perifiert placerade celler som är utsatta för stimuli från omgivande vävnad och immunförsvar. Cancercellerna kan dessutom ha förvärvat olika mutationer i sin arvsmassa. Givet denna komplexitiet i tumörvävnaden är det nästan överraskande att expressionsprofiler från RNA extrakt kan ge tolkningsbar biologisk information. Vi tänker i detta projekt försöka bryta ned expressionprofiler från extrakt till de ingående cellkomponenterna i tumörvävnad för att på det sättet bättre förstå vad det är i dessa expressionsprofiler som är av betydelse för prognos och prediktion. Vi förväntar oss också kunna hitta helt nya, mer kraftfulla expressionsprofiler genom denna ansats. Vi kommer tillämpa en helt ny teknik för att kunna fastställa expressionsprofiler med cellulär upplösning i snitt från tumörvävnader. Tekniken tillåter mätning av ett hundratal geners aktivitet i ett och samma snitt (multiplexning). Den bygger på en kombination av?padlock probe? (molekylära hänglås) tekniken, som vi arbetat med under många år, och ny DNA sekvenseringskemi, som ursprungligen utvecklats vid Harvard i USA. Med denna kombination har vi för första gången kunna sekvensera DNA direkt i celler och vävnader och detta möjliggör den multiplexning som vi behöver för detta projekt. Vår förhoppning är att detta projekt kommer kunna leda till bättre förståelse för samverkan mellan de olika celltyperna i tumörer som kan leda till ny uppslag till behandlingar, samt till ny diagnostik som leder till bättre behandlingar.

Last updated on 2017-22-03 at 07:13